La Educación Especial es uno de los puntos más polémicos de la Ley Celaá. El texto dice que dentro de diez años los colegios ordinarios tendrán que tener recursos necesarios para poder atender en las mejores condiciones a los alumnos con discapacidad y los colegios de Educación Especial serán apoyo para el resto. Como la ley llega sin presupuesto, hay temor en que lo que se haga sea una traspaso de alumnos y se vacíen los centros de Educación Especial. Algo desmentido en varias ocasiones por el Ministerio.
En los centros de educación Especial estudia el 18% de los alumnos con discapacidad.